El 20 de noviembre de 1958, a través de la Ley 48, se creó la Escuela de Agronomía, siendo su primer director el ingeniero Enrique Enseñat. A partir de 1959 empezó a funcionar en el campus central como una unidad adscrita a la Facultad de Ciencias Naturales y Farmacia.

En 1965, se constituye en facultad de Agronomía, siendo el Ing. Enrique Enseñat, su primer Decano.

En el año 1986 debido a una reestructuración académico-administrativa, cambia su nombre a Facultad de Ciencias Agropecuarias, estructurada formalmente en cinco escuelas y seis departamentos académicos.

En la actualidad es la única Facultad de las Ciencias Agrarias a nivel nacional, y está integrada a la Universidad de Panamá. Posee dos sedes, una en Chiriquí y otra en el Campus Universitario Octavio Méndez Pereira. Muchas de sus carreras son brindadas en diferentes Centros Regionales Universitarios y Extensiones Universitarias.

Entre los objetivos de la FCA están: la formación de profesionales íntegros, críticos, reflexivos y analíticos, capaces de incorporar en nuestros estudiantes valores éticos y morales, formación académica y cultural; realizar investigaciones en las ciencias agropecuarias, la gastronomía y las ciencias de la familia y del desarrollo comunitario, brindar al productor información de nuevas tecnologías, para un mejor aprovechamiento y beneficio de los recursos a su disposición y promover y apoyar la actualización del personal docente.